1. 下丘脑—垂体—卵巢轴内分泌功能失调是最常见的主要的病因，如各种原因引起的不排卵。

　　2. 下丘脑—垂体—卵巢轴的器质性改变，也很常见，如垂体肿瘤、卵巢发育不全、卵巢早衰等。

　　3. 先天性生殖道器官发育畸形与性发育异常，如阴道与子宫缺如、性腺分化发育异常，常是原发闭经的病因。

　　4. 生殖道各部位与邻近的肿瘤。

　　5. 各部位的感染破坏了功能，如子宫内膜炎、盆腔炎、卵巢炎、脑炎、脑膜炎等。

　　6. 生殖道各部位的创伤与手术破坏，化疗或放疗的损伤等。

　　7. 全身营养不良与精神创伤影响各器官功能。

　　8. 其他内分泌腺功能失调的影响，如甲亢与甲低，肾上腺功能亢进与低落等。

　　9. 药物性闭经，如治疗精神病药物、避孕药、棉酚或免疫抑制性药物造成闭经，需注意不同药物作用部位不同，可以分别影响下丘脑、卵巢或子宫，也可能同时影响多个部位导致闭经。